复旦大学上海医学院始建于1927年，原为国立中央大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。1932年，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明;1940年辗转迁至四川重庆。抗战胜利，学院迁回上海，于1952年更名为上海第一医学院。1985年，上海第一医学院定名为上海医科大学。
学院于1959年被定为全国16所重点高等学府之一，并于1997年入选首批211工程。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2011年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。
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